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高中生偵探工藤新一，被稱為日本警察的救世主、平成年代的福爾摩斯。
一次在與青梅竹馬的女友毛利蘭去遊樂園遊玩時，發現兩個行動詭異的黑衣人。
工藤新一跟蹤他們直到交易現場，另一個黑衣人趁其不注意從後面將他一棒擊倒，
並灌下一種名為APTX-4869（apoptoxin-4869其含義為殘廢的名偵探）的神秘毒藥企圖殺他滅口，
但因為副作用他的身體竟回到發育期的孩童狀態。
考慮到要是黑衣人知道他還活著的話，必將使周圍的親朋好友受到牽連，
於是工藤新一化名為江戶川柯南寄住在毛利蘭的家中，想借助其父親毛利小五郎來找尋黑衣人。
不料小五郎不但對其沒有幫助，還是個冒失的糊塗偵探。
所以發生案件後，柯南用阿笠博士發明的手錶型***讓小五郎睡著，接著用蝴蝶結領結變聲器模仿他的聲音來進行推理，
解決了許多案件，同時也結交了許多夥伴，並且一直尋找著黑衣組織的人的下落，希望有朝一日將其繩之以法，並變回原來的樣子。